试管婴儿技术中胚胎着床失败的原因可能是子宫内膜接纳胚胎的能力下降，主要原因有子宫构造异常，如：子宫先天发育畸形、子宫内膜息肉、子宫内膜炎和子宫腔内肌瘤。子宫内膜薄，曾经因流产做过子宫搔刮术、月经不正常或血液循环不好，都会造成子宫内膜薄。子宫腔持续积水，输卵管水肿及不通会造成子宫腔积水，这是因为输卵管的积水因输卵管伞部（尾端）阻塞，造成输卵管内的积水往子宫腔回流。持续性的子宫腔积水会造成胚胎着床失败。但多囊性卵巢症患者她们在接受排卵药物刺激之后，偶尔也会引起子宫腔积水，但不会造成广西试管婴儿着床不易的问题。子宫内膜细胞分泌的黏着蛋白的品质不好或是量不足或是子宫腔内某种细胞素的量太多或太少，都会影响试管婴儿胚胎的着床成功与否。

广西试管婴儿技术胚胎移植失败的原因也可能是植入子宫的胚胎本身有缺陷，夫妻染色体有异常会影响胚胎的发育，使胚胎长到某一阶段即会停止生长。妻子患有染色体异常，像染色体平衡对调、嵌合型染色体、染色体反向转位、染色体缺失、染色体断裂。有些精子稀少活动力不好的患者，将他们的精子做荧光抗体杂交检查精虫染色体数目是否正常，发现他们的精子染色体数目异常的比例会比精子数量正常及活动力正常者为高。多次使用试管婴儿技术，但助孕失败的案例中，胚胎染色体异常的比例高达60%，所以很多植入子宫内的胚胎着床失败是因为胚胎本身染色体异常所致。这些染色体异常的胚胎有时外表看起来细胞大小正常、分裂速度也正常且在胚胎分级上是属于一级或二级的优良胚胎。受术妇女年龄越大，胚胎不正常的机会也越大。

包围卵子的透明带，在卵子受精前和胚胎孵化着床前是用来保护卵子和胚胎。如果胚胎在体外培养过久，透明带会变厚及变硬；年纪大的妇女所排出的卵子其透明带也较厚。透明带太厚或太硬有可能会引起试管婴儿技术中的胚胎着床失败。体外培养环境不好，包括培养液不良、温度不当或操作技术欠佳，都可能损害胚胎，引起胚胎着床失败。